제목1

메뉴
제목2

제목3

MASCOT Server

작성자 관리자 날짜 2024-10-08 19:30:00 조회수 41

Mascot Server는 질량 분석 데이터를 사용하여 DNA, RNA 및 단백질 시퀀스 데이터베이스와 스펙트럼 라이브러리에서 단백질을 ID하는 강력한 검색 엔진입니다. 유사한 프로그램이 많이 있지만 Mascot은 입증된 모든 데이터베이스 검색 방법 (peptide mass fingerprinting, sequence query and MS/MS ions search)이 통합되어 있다는 점에서 특별합니다.

Mascot Server의 주요 기능

  • 매우 빠른 병렬 실행이 가능한 다중 프로세서 지원
  • 모든 질량분석기 유형에 보편적으로 적용 가능한 확률 기반 scoring
  • 새로운 단백질 추론
  • 표준 및 맞춤형 chemical and post-translational modifications
  • 견고한 false discovery rate (FDR) 추정, 옵션으로 Percolator를 사용한 semi-supervised machine learning 적용
  • 예상치 못한 변형, 아미노산 치환 및 semi-specific cleavage 식별
  • Top-down protein identification
  • isobaric labeling (e.g., iTRAQ, TMT)을 사용한 정량 분석
  • 스펙트럼 라이브러리 생성 및 검색
  • Intact crosslinks 확인

Mascot Server는 질량분석 데이터를 이용한 단백질 ID의 표준으로 확고하게 자리 잡았습니다. Sciex , Agilent , Bruker , Jeol , Shimadzu , Thermo Scientific , Waters 등에서 제조한 질량분석기의 peak lists로 우수한 결과를 제공합니다

Free trial

웹사이트에서 실행되는 무료 서비스를 자유롭게 이용하실 수 있습니다. 이 서비스는 평가 및 소규모 데이터 세트 검색에 이상적입니다. SwissProt, Uniprot proteomes 및 EMBL의 EST 부문을 포함한 인기 있는 시퀀스 데이터베이스를 선택ㅈㄱ으로 사용할 수 있습니다.

대부분의 Mascot Server 기능이 무료 서비스에서 제공되지만, 몇 가지 제한 사항이 있습니다. 정기적인 작업이나 처리량이 많은 작업을 위해서는 In-house Mascot license를 취득하는 것이 좋습니다.

In-house license

In-house Mascot license를 사용하는 데에는 여러 가지 이유가 있습니다.

  • 단백질 ID를 위한 검증된 고성능 솔루션이 필요할 때
  • 무료 서버에서 허용하는 크기 한도를 초과하는 데이터 세트를 검색해야할 때
  • 경쟁 제품의 성능을 초과하는 데이터 세트나 데이터베이스 검색할 떼
  • 기밀 유지 문제로 민감한 데이터를 제3자에게 전송할 수 없을 때
  • 다양한 벤더의 장비에서 생성된 데이터 처리를 위한 단일 솔루션이 필요할 때
  • 그룹 내 여러 사람이 동시에 검색을 수행할 때
  • 선호는 시퀀스 데이터베이스 (Fasta 파일) 또는 스펙트럼 라이브러리를 검색하고자 할 때
  • Mascot Daemon이나 자체 파이프라인을 사용해 자동화된 고속 작업을 수행해야 할 때
  • 검색 결과를 관계형 데이터베이스로 가져오기 위해
  • Modifications, enzymes, quantitation 또는 crosslinking methods 등을 추가하고 수정할 수 있도록
  • 데이터를 자세히 분석하고 소프트웨어의 결정을 검증할 수 있도록

 

Mascot Server는 Intel 및 AMD 프로세서에서 구동되는 Windows 및 Linux용으로 제공됩니다. 소프트웨어는 일반적으로 자체 구내의 서버급 컴퓨터에 설치되지만, 워크스테이션가상 인프라 및 클라우드에서도 실행할 수 있습니다. 하드웨어와 소프트웨어의 모든 측면은 완전히 사용자의 통제 하에 있으며, Mascot 서버에 검색을 제출하는 사용자 수나 검색 크기에 제한이 없습니다.

라이선스는 연간 요금이 아닌 영구 라이선스이며, 1년 동안 기술 지원 및 모든 업데이트를 포함하는 보증이 제공됩니다. 첫해 이후에도 기술 지원 및 업데이트를 계속 받고싶다면 지원 계약을 구매할 수 있습니다.

Top-down licence

Mascot Server의 표준 버전은 precursor mass에 대해 16kDa의 한도를 가지고 있어 대부분의 top-down 실험에는 적합하지 않습니다. 하지만 Mascot의 특수 버전인 Mascot Top Down은 110kDa의 precursor mass의 한도를 가지고 있습니다. 이 버전은 16kDa보다 큰 precursor mass를 포함하는 모든 검색에 자동으로 사용됩니다. 16kDa 미만의 질량을 가진 bottom-up 검색에는 영향을 미치지 않습니다.

Mascot Top Down을 활성화하려면 새로운 라이센스가 필요합니다. Mascot Server 2.2 이상을 사용하는 고객의 요청 시 30일간의 체험 라이센스가 제공됩니다.