Mascot Server는 질량 분석 데이터를 사용하여 DNA, RNA 및 단백질 시퀀스 데이터베이스와 스펙트럼 라이브러리에서 단백질을 ID하는 강력한 검색 엔진입니다. 유사한 프로그램이 많이 있지만 Mascot은 입증된 모든 데이터베이스 검색 방법 (peptide mass fingerprinting, sequence query and MS/MS ions search)이 통합되어 있다는 점에서 특별합니다.

Mascot Server의 주요 기능

• 매우 빠른 병렬 실행이 가능한 다중 프로세서 지원
• 모든 질량분석기 유형에 보편적으로 적용 가능한 확률 기반 scoring
• 새로운 단백질 추론
• 표준 및 맞춤형 chemical and post-translational modifications
• 견고한 false discovery rate (FDR) 추정, 옵션으로 Percolator를 사용한 semi-supervised machine learning 적용
• 예상치 못한 변형, 아미노산 치환 및 semi-specific cleavage 식별
• Top-down protein identification
• isobaric labeling (e.g., iTRAQ, TMT)을 사용한 정량 분석
• 스펙트럼 라이브러리 생성 및 검색
• Intact crosslinks 확인

Mascot Server는 질량분석 데이터를 이용한 단백질 ID의 표준으로 확고하게 자리 잡았습니다. Sciex , Agilent , Bruker , Jeol , Shimadzu , Thermo Scientific , Waters 등에서 제조한 질량분석기의 peak lists로 우수한 결과를 제공합니다

Mascot Distiller Workstation은 다양한 native(binary) 질량 분석 data files에 대해 직관적인 인터페이스를 제공합니다. Raw data는 고품질의 de-isotoped 피크 리스트로 처리합니다.

Mascot Distiller는 다음 업체에서 제조한 질량분석기의 모든 데이터 파일 형식을 지원합니다

• SCIEX
• Agilent
• Bruker
• Jeol
• Shimadzu
• Thermo Scientific
• Waters
• mzXML 2.0 and 2.1 (XML interchange format)
• mzML 1.1 (XML interchange format)
• Text (ASCII mass and intensity values)

하나 이상의 Toolbox options을 추가하여 Mascot 검색 결과 검토, 자동 및 수동 de novo sequencing, batch processing 및 정량 분석을 할 수 있습니다.

Mascot Daemon은 데이터 파일을 Mascot server에 자동으로 제출하는 Microsoft Windows client 응용프로그램으로 Mascot Server와 함께 번들로 제공됩니다. 추가 라이센스 비용 없이 필요에 따라 설치할 수 있습니다.

다음과 같은 주요 기능이 지원됩니다.

• Batch mode: 검색할 파일 그룹을 임의로 정의하여 즉시 또는 사전에 설정된 시간에 검색을 실행할 수 있습니다.
• Real-time monitor mode: 미리 정의된 경로에 있는 새로운 파일이 생성될 때마다 즉시 검색을 실행합니다.
• Data dependent follow-up tasks: 예를 들어, 검색을 나중에 자동으로 반복하거나 다른 시퀀스 데이터베이스에 대해 검색을 다시 실행할 수 있습니다.

여러 Daemon 클라이언트가 동일한 Mascot 서버에 검색을 제출할 수 있습니다. 여러 대의 질량 분석기를 사용하는 경우 각 장비의 데이터 시스템에 별도의 Daemon 사본을 설치하거나, LAN 상의 한 장소에 Daemon의 단일 사본을 설치하여 모든 장비의 데이터를 처리하는 방식으로 사용할 수 있습니다.

Mascot Parser 는 Mascot 결과 파일 및 구성 파일에 대한 객체 지향 API (Application Programmer Interface)를 제공하여 C ++, C#, Java, Perl 또는 Phyton으로 작성된 프로그램이 Mascot 결과에 쉽게 접근할 수 있도록 해줍니다. Mascot Parser는 다음 형식으로 제공됩니다.

• Windows 및 Linux용 Java 라이브러리
• Windows 및 Linux용 Perl 모듈
• Windows 및 Linux용 Python 모듈
• Windows용 C++ 라이브러리 코드가 포함된 DLL 또는 정적 연결 라이브러리
• Linu용 공유 또는 정적으로 연결된 C++ 라이브러리
• Microsoft .NET용 AC# 모듈

Mascot Distiller와 모든 Mascot result 스크립트는 다음과 같은 이유로 Mascot Parser를 사용합니다.

• 애플리케이션 개발이 훨씬 더 빨라집니다.
• 코드를 더 간단하고 디버깅하기 쉽게 만들어줍니다.
• Mascot의 새 버전이 출시될 때마다 코드를 업데이트하는 것에 대해 걱정할 필요가 없습니다.

Mascot Parser는 프로그래머 도구이며 선택한 언어에 대한 상당한 능숙도가 필요합니다. Mascot Parser의 코드를 통합하는 프로그램을 개발하고 제3자에게 배포하려는 경우 애플리케이션에 대한 라이선스 요금을 청구하지 않는 경우에만 허용됩니다.